Πριν από τριάντα δύο χρόνια, από τις 13 έως τις 19 Ιανουαρίου 1990, δεκάδες χιλιάδες Αρμένιοι στην πρωτεύουσα του Αζερμπαϊτζάν- το Μπακού, έπεσαν θύματα βίαιης σφαγής και απελάθηκαν βίαια. Mετά από 6 ημέρες φρικαλεοτήτων εναντίον Αρμενίων, ολόκληρος ο αρμενικός πληθυσμός της πόλης – περίπου 250 χιλιάδες εγκατέλειψαν το Μπακού. Τα πογκρόμ της 13-19 Ιανουαρίου 1990 οργανώθηκαν από το Λαϊκό Μέτωπο του Αζερμπαϊτζάν (NFA) και οι αρχές τα χρηματοδότησαν.
Στο Αζερμπαϊτζάν, ανέβηκε κύμα αντιαρμενικής υστερίας ήδη στα τέλη Δεκεμβρίου του 1988 και στις αρχές Ιανουαρίου του 1989. Στις 13 Ιανουαρίου 1990, μετά από τη διαδήλωση το πλήθος διαιρεμένων ομάδων διέρρηξαν τα διαμερίσματα των Αρμενίων στις καθορισμένες διευθύνσεις και ξεκίνησαν ξυλοδαρμούς και βίαιες ενέργειες, πέταξαν ανθρώπους έξω από τα παράθυρα, τους σκότωναν με σιδερένιες ράβδους και μαχαίρια, βίασαν γυναίκες, κάηκαν ζωντανοί άνθρωποι. Τα πογκρόμ διήρκεσαν 6 ημέρες.
Μόλις στις 19 Ιανουαρίου, με το πρόσχημα της αποκατάστασης της τάξης, όταν απειλήθηκε η σοβιετική κυβέρνηση στο Μπακού, ο Μιχαήλ Γκορμπατσόφ υπέγραψε διάταγμα για την εισαγωγή κατάστασης έκτακτης ανάγκης στο Μπακού. Κατά τη διάρκεια της ένοπλης αντίστασης, σκοτώθηκαν περισσότεροι από δώδεκα μαχητές, πολλοί συνελήφθησαν.
Λόγω της απόκρυψης των γεγονότων και της μη έκφρασής τους, ήταν αδύνατο να προσδιοριστεί ο ακριβής αριθμός των Αρμενίων που σκοτώθηκαν στο Μπακού και πέθαναν ως αποτέλεσμα των πογκρόμ, σύμφωνα με διάφορες πηγές, περισσότεροι από 200 Αρμένιοι σκοτώθηκαν στο Μπακού το 1988-1990. Ωστόσο, ο αριθμός τους φτάνει τα 500-600 άτομα. Τα πογκρόμ εναντίον των Αρμενίων και οι καταστολές εναντίον τους συνεχίστηκαν και μετά τον Ιανουάριο του 1990, οδηγώντας στην πλήρη εξόντωση του Αρμενικού πληθυσμού από το Αζερμπαϊτζάν.
Παρά την πολιτική άρνησης του Αζερμπαϊτζάν, τα πογκρόμ και η βία κατά των Αρμενίων στο Μπακού και νωρίτερα – στα τέλη Φεβρουαρίου 1988 στο Σουμγκάιτ, καθώς και στο Κιροβαμπάντ (Γκαντζά), καταδικάστηκαν από διεθνές δομέν και οργανισμούς. Το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο στα ψηφίσματα που εγκρίθηκαν καταδίκασε τα πογκρόμ των Αρμενίων το 1988, το 1990 και το 1991.
Οι αυτόπτες μάρτυρες, καθώς και τα εν λόγω ψηφίσματα, δείχνουν ότι οι ενέργειες κατά των Αρμενίων στο Μπακού και το Σουμγκάιτ οργανώθηκαν ή, τουλάχιστον, πραγματοποιήθηκαν με τη συνενοχή των αρχών του Αζερμπαϊτζάν. Ο Πρόεδρος της Επιτροπής Προσφύγων των ΗΠΑ Μπιλ Τέρικ το 2002 ανακοίνωσε για τα πογκρόμ και τις συνέπειές τους.
